Er bestaat een aantal soorten paddenstoelen die typisch zijn voor beukenbossen. Op kalkrijke bodems groeien vaak twee typische soorten dicht bij elkaar. Dit zijn de Grote knoflooktaailing (Marasmius alliaceus) en de Prachtmycena (Mycena crocata). De Grote knoflooktaailing is een paddenstoel met een 1-4 centimeter grote hoed en een vrij lange, bruinzwart tot zwarte stijve steel. Heel kenmerkend is de typische knoflookgeur die vrijkomt bij beschadiging van de zwam, iets wat gemakkelijk optreedt door het vertrappen van de vrij kleine paddenstoel die niet erg opvalt tussen het bonte loof. De hoed is bruinachtig, met een doorgaans vrij lichte rand door de hygrofane eigenschap. Grote knoflooktaailing groeit op beukentakjes, al dan niet ingegraven. Deze soort verschijnt tussen augustus en november. Vaak vergezelt de Prachtmycena deze soort. De Prachtmycena heeft een teer, breekbaar hoedje en een breekbaar steeltje. De hoed is doorgaans olijfgrijs tot beige, de steel is bloedrood tot oranje en verkleurt bij veroudering naar roodbruin. Bij verwonding scheidt de Prachtmycena een saffraangeel melksap af. Prachtmycena groeit van augustus tot oktober op beukenstronken en liggende takken. Ze komt voor in beukenbossen op kalk- en leembodems.
In oudere beukenbossen, vooral daar waar de bosbouwkundige waarde niet meer op de eerste plaats komt, groeien vaak Echte tonderzwammen (Fomes fomentarius). Deze paddenstoelen worden vaak enkele jaren oud. Ze groeien op stammen en stronken van Beuken (Fagus sylvatica) en berken (Betula spec.). De jongere exemplaren hebben een lichtbruine aangroeizone, terwijl de oudere exemplaren vaak helemaal grijs zijn. Omdat de individuele vruchtlichamen wel enkele jaren oud kunnen worden en eerst parasitair en vervolgens saprofytisch leven, is vaak het verschijnsel van isotopie waarneembaar. Dit betekent dat de zwam zijn vruchtbare laag, het hymenium, steeds naar onder gericht wilt hebben. Zolang een boom rechtopstaat betekent dit dat de hoeden horizontaal op de stam groeien. Als de stam echter plat ligt kan de zwam zijn sporen niet meer kwijt. Daarom gaat hij dan haaks op zijn eerdere groeirichting nieuwe hoeden op het oude vruchtlichaam vormen. Echte tonderzwam is een agressieve parasiet die witrot veroorzaakt. Om deze reden werd deze soort vroeger in onze bossen vermeden. Tegenwoordig zien steeds meer bosbeheerders in dat ook deze soort een plek in het bos verdient en is de Echte tonderzwam steeds vaker te zien.
In bossen waar veel Echte tonderzwammen groeien en waar het hout tot het einde van het verteringsproces mag blijven liggen, verschijnt soms de Kammetjesstekelzwam (Hericium coralloides), met een tien tot dertig centimeter koraalachtig vruchtlichaam. De breekbare, afhangende stekels zijn wit tot crème-kleurig en op latere leeftijd okergeel. De Kammetjesstekelzwam is extreem zeldzaam. In Nederland komt ze soms voor op de Veluwe, waar ik in oktober 2009 een vrij grote groep aantrof op een vermolmde Beuk bij de Posbank. In Duitsland trof ik deze soort onder meer aan op de Hangelstein bij Giessen, in het NSG Ludwigshain bij Kelheim in Beieren en in Nationalpark Bayrischer Wald.
In beukenbossen op allerlei soorten bodems groeit de Beukenrussula (Russula fellea). De Beukenrussula heeft een vriendelijk uiterlijk. Zijn hoed is okergeel tot strokleurig en de lamellen en steel zijn wit. De soort staat vaak massaal in beukenbossen. Even eraan proeven komt je direct duur te staan, de brandend scherpe smaak verdwijnt pas na enige tijd weer uit je mond.
Op dode, liggende stammen en takken van beuken groeit de Zakjestrilzwam (Ascotremella faginea). Deze donkerbruine, hersenachtige substantie is twee tot zeven centimeter breed en verschijnt tussen augustus en oktober. In de zure beukenbossen van de Eifel is deze soort vrij algemeen. De Roze knoopzwam (Neobulgaria pura) is eveneens een algemene soort op dode liggende stammen van Beuken. In de Eifel is ze vaak te vinden. De gelatineuze vruchtlichamen zijn vleeskleurig tot roze en dik tolvormig. Vaak staan ze in groepjes bijeen. In met name de late herfstmaanden vallen de gele kwabbels van de Gele trilzwam (Tremella mesenterica) op. Deze hangen dan aan de takken van de Beuken en bij vochtig weer vallen ze ook nogal eens naar onderen.
Op veel dunnere takjes, van ongeveer een halve centimter dikte, groeit de Roestbruine kogelzwam (Hypoxolon fragiforme), een soort met vruchtlichamen van 0,4 tot 1 centimeter brede vruchtlichamen.
Op oude beuken op diverse bodems groeien, hoog in de bomen, vaak Porseleinzwammen (Oudemansiella mucida). Deze agressieve parasiet is typerend voor Beuken. Door het afbreken van het hout door deze soort worden de takken vaak broos en breken bij storm gemakkelijk af. Het is dus zaak om bij storm niet onder Beuken door te lopen waarin deze fraaie paddenstoel groeit. De vruchtlichamen zijn kwetsbaar en doorschijnend. De hoeden glanzen door de dikke slijmlaag erop.
Onder Beuken die door de Porseleinzwam zijn aangetast groeien vaak Reuzenzwammen (Meripilus giganteus) waarvan de hoeden wel 40 centimeter breed kunnen worden. Deze soort veroorzaakt wortelrot, verstopt de vaten van de bomen en kan zo bomen in korte tijd doden.
Een saprofiet op dode stronken en stammen van eiken en Beuken is de Scherpe schelpzwam (Panellus stipticus). Deze vormt vrij harde, okergele overblijvende hoeden van een tot drie centimeter breed.
Een zeldzame soort, die niet zozeer aan beukenbossen, maar zeer zeker aan Beuken gebonden is, is de Roodschubbige gordijnzwam (Cortinarius bolaris). Het is een vrijkleine soort met een twee tot vijf centimeter brede hoed met aanliggende roodachtige schubjes erop. De Roodschubbige gordijnzwam is aan te treffen van augustus tot oktober.
Op dode of afstervende Beuken is de Prachtvlamhoed (Gymnopilus spectabilis) een fraaie verschijning. De grote, vlezige vruchtlichamen dragen 5 tot 15 centimeter grote hoeden en een brede ring. De kleur is oranjerood.
Niet perse aan Beuk gebonden, maar er wel vaak op parasiterend is de Goudvliesbundelzwam (Pholiota aurivella), een prachtige paddenstoel met een krachtig gele hoed die bedekt is met kleine, bruinachtige schubjes. Deze soort groeit, zoals de naam al aangeeft, doorgaans in dichte bundels bijeen. De hoeden kunnen wel vijftien centimeter groot worden en zijn doorgaans slijmig, zeker bij vochtig weer. Ook de Slijmsteelbundelzwam (Pholiota adiposa) groeit met name op Beuken, met name in kalkrijke streken. Zoals de naam al verraad, heeft deze soort een slijmerige steel.
Eén van de fraaiste soorten, zo niet de fraaiste soort, van de Midden-Europese beukenbossen op kalkbodems, is de Spechtinktzwam. Deze soort heeft, in tegenstellig tot vele andere inktzwammen, een zwart gekleurde hoed met witte schubjes erop. De soort wordt bijna net zo groot als zijn neef, de Geschubde inktzwam (Coprinus comatus). De hoed bereikt een hoogte van vier tot tien centimeter. De hoedkleur varieërt van caramelkleurig tot bijna zwart. In de jeugd is de hoed helemaal bedekt door een wit velum dat als een vachtje om de hoed heen zit. Bij het groeien breekt dit open in allerlei schubjes. Opvallend is dat de soort bijna altijd alleen staat.
Twee soorten melkzwammen die in beukenbossen gevonden kunnen worden zijn de Grijsgroene melkzwam (Lactarius blennius) en de Beukenmelkzwam (Lactarius fluens). De Grijsgroene melkzwam groeit zowel op zure als op kalkrijke bodems en heeft een drie tot zeven centimeter grote, olijfgroene hoed met kransen van donkerdere vlekken. De smaak is bijna direct scherp. De Beukenmelkzwam groeit met name in beukenbossen op kalkrijke bodems en is ietwat groter. De hoed wordt vier tot twaalf centimeter groot. Ook deze soort smaakt scherp.
Op dode takken van Beuken groeit de Waaierbuisjeszwam (Polyporius leptocephalus), een gesteelde houtzwam met een asymetrische steel van drie tot twintig centimeter groot die aan de voet vaak zwart verkleurd is.
Twee andere houtzwammen die vaak op liggende stammen van Beuken groeien, zijn de Witte bultzwam (Trametes gibbosa) en het Ruig elfenbankje (Trametes hirsuta). Beide soorten staan vaak in groepjes bijeen. Deze soorten lijken nogal op elkaar, maar vaak is de Witte bultzwam door de vele algen die erop groeien groen uitgeslagen. Beide soorten verteren het dode hout van onder meer Beuken. Eetbare, maar zeldzame soorten in beukenbossen zijn twee soorten cantharellen. De Grauwe cantharel (Cantharellus cinereus) is een mycorhizza-zwam die tussen augustus en oktober op de bodem van beukenbossen op kalkrijke bodems groeit. De vruchtlichamen zijn vrij slank en hebben een bruinzwarte, één tot zes centimeter brede hoed met eronder licht- tot donkergrijze lijsten die aflopen.Dehoed heeft vaak een navel. De andere soort is de Hoorn-van-overvloed (Craterellus cornicopus) die vanuit een vrij slanke, witgrijzige steel heeft waaruit de hoed vrij breed in alle richtingen uitwaaiert. De hoed heeft een pikzwarte tint. Deze soort groeit vooral op leem- en kalkbodems.